明朝，宦官专政，残害忠良。东厂督主曹少卿杀害于谦，为了斩草除根。他派人追杀流放途中的于谦子女。
第一次沿途追杀，眼看就要得逞，却被一个突然出现魁梧大汉所阻，大汉掩护于家后人离开，自己也随后离开。
东厂督主又派大档头二档头等人埋伏在龙门客栈，截杀将会路过的于家后人。大档头二档头等人隐藏身份，一行人浩浩荡荡地到了龙门客栈，并且包下了整间客栈，不许客栈留宿其它客人。有一个走卒向他们要打赏，结果被二档头残杀。客栈中的伙计看出他们来者不善，却因为不敌东厂番子们之得听从他们的吩咐。
东厂的番子们为了防止附近军营的官兵碍事，就悄悄来到军营，将所有官兵杀害，抛尸崖底。
此时，一个白衣侠客也来到了龙门客栈，他不顾客栈伙计的善意提醒，硬要住在客栈中。此时，客栈中只有几个东厂番子留守，他们几次挑衅白衣侠客却被侠客一一化解。其中一个番子在侠客酒中下毒。店小二不忍侠客中毒，几次提醒，侠客却似乎仍然不知，径直喝下肚就，未及，毒性发作，侠客痛苦倒地。正当东厂番子得意洋洋之时，侠客却突然发难，原来他只是假装中毒而已。两伙人终于火并起来，东厂番子不敌白衣侠客，之得仓皇逃离，找来了在外办事的大档头，来替他们出气。
二档头几句不合就同侠客动起手来，却不是侠客的对手。此时，大档头也回到了客栈。他却没有同白衣侠客大打出手，而是攀谈了起来。他得知侠客名叫“萧少兹”，是来寻找龙门客栈的吴掌柜的。可惜，吴掌柜下山办事情去了。大档头则谎称自己等人是刑部派来执行任务的。他希望萧少兹不要妨碍他们执行公务，萧少兹听罢便知趣离开。
离开龙门客栈的萧少兹未走远，便遇到了下山办事归来的吴掌柜。两人见面略一交谈，都觉得客栈中来的这一伙儿人来者不善。
此时路上又出现了一个壮汉和一个清俊的公子，他们在路上遇到了东厂番子的阻拦，二人身手不凡，轻而易举地解决了拦阻他们之人。并且发现这些人逃亡龙门客栈，二人便索性向着龙门客栈而来。
二人来到店外，拍门想要入店，却被店小二所阻。大个男子见不肯开门，便索性撞开大门而入，进门后，虽被告知店里没有房间了，却还是硬要住店。萧少兹见了他们，故意表现不友善，想赶走他们，不了大汉却更执意要住下。倒是东厂大档头故意对他们友善，愿意让出自己的房间与他们，取得了二人的信任。
晚间，这二人与东厂众番子同桌吃饭，二人自称乃是一对兄弟，姓朱。壮汉性子直，几次差点被大档头套出话来，幸好其弟反应敏捷，遮掩过去。东厂又准备对朱姓兄弟下手，在他们酒中下毒。店小二在厨房瞧见他们下毒，便通知吴掌柜和萧少兹。萧少兹便借着为白天冲撞了朱姓兄弟，特来道歉，传纸条提醒朱家二弟，酒中有毒。朱家二弟得知之后，立刻劝阻他大哥饮酒。东厂便转而逼朱家二弟饮毒酒，朱家二弟推辞不过，便索性动起手来。东厂大档头不愿意事情闹大，便就此作罢。
入夜之后，众人回房安歇。东厂大档头与手下商议对策。他们认定朱氏兄弟来者不善，萧少兹与吴掌柜多半也有问题，很有可能他们四人都是在此要救于家后人。二人商议，要让这四人窝里反。商议罢，二人便行动起来，让萧少兹和朱家兄弟产生了误会，竟而大打出手。打斗中，萧少兹掐住朱家二弟脖子，却发现原来她是女子。
吴掌柜察觉三人自己人打自己人，便把他们召集在一起，开诚布公。原来四人果然都是来救于家后人逃出东厂魔掌的。吴掌柜过去是于谦的部将，朱家兄妹是他许久未见的朋友，而萧少兹则是他请来帮忙的侠客。他们定下计策，明早四人分为两路，想方设法拦住押送于家后人的队伍，让他们千万不要靠近龙门客栈。正在四人商量之时，萧少兹发现门外有人偷听，那人随即被四人做掉，他们从这个偷听者身上翻出了东厂的文书，这才知道来到店里的一行人，原来就是东厂的番子！
第二日一大早，四人兵分两路出发，而东厂众人也守在各个路口。
结果，二批人都未能截下于家后人，押送于家后人的队伍径直来到了龙门客栈。留守店中的东厂番子放进了押送的队伍，而后派人赶忙去报告外出的大档头等人，其余人则在店中蠢蠢欲动。吴掌柜等人见到前来报信的人，猜到押送的队伍已经到了龙门客栈，吴掌柜赶忙布置安排，让朱家大哥先回客栈救人。
朱家大哥在客店中击退众番子，掩护押送的队伍上了客栈二楼。而吴掌柜派出朱家小妹正面对付客栈门口的众多番子，又派萧少兹从客栈后门潜入，帮助朱家大哥掩护于家后人离开。门口的众番子皆不是朱家小妹的对手，但轮到东厂二档头与朱家小妹动手之时，二人武功不相伯仲，正在纠缠之间，萧少兹突然出现，帮助朱家小妹杀了二档头。东厂众人见势不妙，纷纷逃离客栈。萧少兹在于朱家小妹共同退敌之时，无意中喊出了“朱小姐”，另朱家小妹一时之间，略有所思，他自己则浑然未觉。
吴掌柜等四人重新夺回了客栈，大档头在外，招呼萧少兹出客栈来一谈。萧少兹慨然赴约。大档头想劝说萧少兹不要多管闲事。萧少兹则说自己此举是名利双收。既有了吴掌柜给的钱，又有了搭救忠良之后的美名，何乐而不为？所以不肯退出。大档头又想出钱利诱，却被萧少兹回绝。大档头见利诱不成，让众番子围攻萧少兹，自己则与其他人偷袭客栈。
大档头发现吴掌柜等人已经带着于家后人逃出客栈，逃入山中，他便一路追杀。途中，被朱家兄妹所阻，而后摆脱了东厂众番子的萧少兹也前来助阵，三人与大档头展开搏杀。大档头不敌三人，负伤而逃，临走还掷剑伤了朱家小妹。
当晚，四人回到客栈，吴掌柜替朱家小妹疗伤。而连日受伤的东厂番子也在客栈中得到了吴掌柜等人的医治。吴掌柜不计前嫌，治疗好他们之后，又让他们安然离开。但是，其中有两个番子不愿意回到东厂。原来，他们本是鞑靼人，仰慕于谦，便做了于谦帐下士兵。而后因为私自祭奠于谦，而被逼入了东厂，此刻正好加入吴掌柜一伙儿。共同来保护于家的后人。
东厂督主曹少卿也亲自前往龙门客栈。吴掌柜等人得知后，向投诚的鞑靼兄弟询问曹少卿的武功高低。鞑靼兄弟说曹少卿武功极高，剑法极快，只是有喘病，随时会发作。
当夜，驻扎龙门的魏将军，因为驻军被杀一事，来到龙门客栈。萧少兹说是东厂所为，魏将军不信，还要将萧少兹等人拿下。恰在此时，大档头等人发动火攻，用着了火的箭射向龙门客栈。幸而众人机警应对，火攻未奏效。而魏将军也就此相信了萧少兹等人的话。
曹少卿到达了龙门，怒斥大档头办事不利。他才出了吴掌柜的身份，并且用箭将一封恐吓信射到龙门客栈大门上。吴掌柜读后拿给魏将军看，魏将军读了之后大怒，立刻出了龙门客栈，找到了曹少卿当面对质。二人一语不合，曹少卿便出手杀了魏将军。
曹少卿亲临龙门客栈，躲过了吴掌柜等人布置在客栈内的重重机关，却发现此乃是空城计。客栈内空空如也，众人早已逃离。
一场决战终于来到，曹少卿以一敌四，力战萧少兹，朱家大哥以及鞑靼兄弟。四人虽然奋战，却无法击败曹少卿。然而，打斗间，曹少卿哮喘病发作，急忙在手下帮助下服了药。然而，曹少卿的实力却一时无法完全恢复，他虽然不死心，想要亲自动手，杀了于家后人，却最终被朱家小妹所杀。
于家后人最终安然离开了龙门客栈。
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